牛顿晚年但是由于受时代的限制,牛顿基本上是一个形而上学的机械唯物主义者.他认为运动只是机械力学的运动,是空间位置的变化；宇宙和太阳一样是没有发展变化的；靠了万有引力的作用,恒星永远在一个固定不变的位置上……随着科学声誉的提高,牛顿的政治地位也得到了提升.1689年,他被当选为国会中的大学代表.作为国会议员,牛顿逐渐开始疏远给他带来巨大成就的科学.他不时表示出对以他为代表的领域的厌恶.同时,他的大量的时间花费在了和同时代的著名科学家如胡克、莱布尼兹等进行科学优先权的争论上.晚年的牛顿在伦敦过着堂皇的生活,1705年他被安妮女王封为贵族.此时的牛顿非常富有,被普遍认为是生存着的最伟大的科学家.他担任英国皇家学会会长,在他任职的二十四年时间里,他以铁拳统治着学会.没有他的同意,任何人都不能被选举.晚年的牛顿开始致力于对神学的研究,他否定哲学的指导作用,虔诚地相信上帝,埋头于写以神学为题材的著作.当他遇到难以解释的天体运动时,竟提出了“神的第一推动力”的谬论.他说“上帝统治万物,我们是他的仆人而敬畏他、崇拜他”.1727年3月20日,伟大艾萨克·牛顿逝世.同其他很多杰出的英国人一样,他被埋葬在了威斯敏斯特教堂.他的墓碑上镌刻着：让人们欢呼这样一位多么伟大的人类荣耀曾经在世界上存在.

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